- «Δεν θα αφήσω αυτή τη Δημοκρατία που στάθηκε για χίλια χρόνια να κοπεί στα δύο!»
- — Ανώτατος Καγκελάριος Πάλπατιν
Η Αυτονομιστική Κρίση (24-22 ΠΜΓ), γνωστή και ως Αποσχιστικό Κίνημα, ήταν μια περίοδος πολιτικής αναταραχής στην οποία χιλιάδες αστρικά συστήματα αποσχίστηκαν από τη Γαλαξιακή Δημοκρατία και τάχθηκαν υπέρ του Κόμη Ντούκου και της Συνομοσπονδίας των Ανεξάρτητων Συστημάτων. Η περίοδος αυτή πραγματοποιήθηκε μετά την Εισβολή του Ναμπού και χειραγωγήθηκε από το Ντούκου και από το Σιθ δάσκαλο του, Νταρθ Σίντιους—δημόσια γνωστός ως Ανώτατος Καγκελάριος της Δημοκρατίας, Πάλπατιν. Ο στόχος των Σιθ ήταν να ξεκινήσουν ένα γαλαξιακό πόλεμο που θα τους επέτρεπε να συγκεντρώσουν το πλήρη έλεγχο της Δημοκρατίας, να τη μετατρέψουν στη Γαλαξιακή Αυτοκρατορία, και να καταστρέψουν το Τάγμα των Τζεντάι. Για την υλοποίηση αυτού του στόχου, οι Σιθ κρυφά επέβλεψαν τη δημιουργία ενός στρατού κλώνων στρατιωτών στο πλανήτη Καμίνο που θα γινόταν ένας στρατός για τη Δημοκρατία.
Η πολιτική αναταραχή που προκλήθηκε από την Αυτονομιστική Κρίση έφερε αναστάτωση στη Δημοκρατία, με τον Ανώτατο Καγκελάριο Πάλπατιν να ισχυρίζεται δημόσια ότι ήθελε να βρει μια διπλωματική λύση και να αποφύγει ένα πόλεμο με την Αυτονομιστική Συμμαχία. Πολλοί εντός της Συνομοσπονδίας, συμπεριλαμβανομένων μελών της Αυτονομιστικής Γερουσίας, επίσης δεν επιθυμούσαν να πολεμήσουν, αφού ήθελαν απλώς να ελευθερωθούν από αυτό που έβλεπαν ως διαφθορά της Δημοκρατίας.
Μετά από την απόπειρα δολοφονίας της Πάντμε Αμιντάλα, της Γερουσιάστη του Ναμπού και μέρος με επιρροή στην Επιτροπή Νομιμοφρόνων της Δημοκρατίας, ο ιππότης Τζεντάι Όμπι-Ουάν Κενόμπι άρχισε μια έρευνα που τον οδήγησε στην ανακάλυψη του στρατού κλώνων στο Καμίνο, καθώς επίσης και μια συγκέντρωση ισχυρών επιχειρησιακών ενδιαφερόντων στο Τζεονόσις. Αυτοί οι επιχειρησιακοί ηγέτες, που θα γίνονταν γνωστοί ως Εκτελεστικό Αυτονομιστικό Συμβούλιο, δέσμευσαν τους πόρους τους στο σκοπό του Κόμη Ντούκου. Αυτά τα ενδιαφέροντα περιέλαβαν την Εμπορική Ομοσπονδία, η οποία δεσμεύτηκε με τη παραγωγή των αμέτρητων ανδροειδών μάχης για τους Αυτονομιστές.
Η κρίση κατέληξε στη Πρώτη Μάχη του Τζεονόσις, όταν μέλη του Τάγματος των Τζεντάι έφτασαν για να διασώσουν το Κενόμπι, τη Γερουσιάστρια Αμιντάλα και το πάνταγουαν Άνακιν Σκαϊγουόκερ από εκτέλεση. Οι κλώνοι στρατιώτες, που πλέον αποτελούσαν το Μέγα Στρατό της Δημοκρατίας μέσω της έκτακτης εξουσίας που δόθηκε στο Καγκελάριο από τη Γαλαξιακή Γερουσία, έφτασαν υπό τη διοίκηση του δασκάλου Τζεντάι Γιόντα και πολέμησαν με τον Αυτονομιστικό Στρατό των Ανδροειδών. Αν και η Δημοκρατία νίκησε στη μάχη, ήταν μόνο η πρώτη σύγκρουση του τριετούς Πολέμου των Κλώνων. Στο τέλος του, οι στόχοι των Σιθ πραγματοποιήθηκαν· η Δημοκρατία νίκησε τη Συνομοσπονδία, αλλά ο Καγκελάριος χρησιμοποίησε το πόλεμο ως αφορμή για να μετατρέψει τη Δημοκρατία στη Γαλαξιακή Αυτοκρατορία στο όνομα της ασφάλειας. Αν και η Αυτοκρατορία ηττήθηκε τελικά από τη Καινούργια Δημοκρατία σχεδόν είκοσι-πέντε έτη αργότερα, η παρακαταθήκη της Αυτονομιστικής Κρίσης άντεξε για τις επόμενες δεκαετίες, με το Πρώτο Τάγμα να αναγεννιέται από τις στάχτες της Αυτοκρατορίας να κάνει μια περαιτέρω προσπάθεια να φέρει το είδος σταθερότητας στο γαλαξία που η Γαλαξιακή Δημοκρατία δεν κατάφερε να φέρει κατά την Αυτονομιστική Κρίση.