- «Δε θα αφήσω αυτή τη Δημοκρατία που στάθηκε για χιλιάδες χρόνια να κοπεί στα δύο!»
- — Ανώτατος Καγκελάριος Πάλπατιν
Η Αυτονομιστική Κρίση (24-22 ΠΜΓ), γνωστή και ως Αποσχιστικό Κίνημα, ήταν μια περίοδος πολιτικής αναταραχής στην οποία χιλιάδες αστρικά συστήματα αποσχίστηκαν από τη Γαλαξιακή Δημοκρατία και τάχθηκαν υπέρ του Κόμη Ντούκου και της Συνομοσπονδίας των Ανεξάρτητων Συστημάτων. Η περίοδος αυτή πραγματοποιήθηκε μετά την Εισβολή του Ναμπού και χειραγωγήθηκε από τον Ντούκου και από τον αφέντη Σιθ του, Νταρθ Σίντιους—δημόσια γνωστός ως Ανώτατος Καγκελάριος της Δημοκρατίας, Πάλπατιν. Ο στόχος των Σιθ ήταν να ξεκινήσουν ένα γαλαξιακό πόλεμο που θα τους επέτρεπε να συσσωρεύσουν το συνολικό έλεγχο της Δημοκρατίας, να τη μετατρέψουν σε Γαλαξιακή Αυτοκρατορία, και να καταστρέψουν το Τάγμα των Τζεντάι. Για να βοηθήσει σε αυτό το στόχο, οι Σιθ κρυφά επέβλεψαν τη δημιουργία ενός στρατού κλώνων στρατιωτών στο πλανήτη Καμίνο που θα γινόταν ένας στρατός για τη Δημοκρατία.
Η πολιτική αναταραχή που προκλήθηκε από την Αυτονομιστική Κρίση έφερε τρανταγμούς στη Δημοκρατία, με τον Ανώτατο Καγκελάριο Πάλπατιν να υποστηρίζει δημόσια ότι ήλπιζε να βρει μια διπλωματική λύση και να αποφύγει έναν πόλεμο με την Αυτονομιστική Συμμαχία. Πολλοί στη Συνομοσπονδία, συμπεριλαμβανομένων μελών του Αυτονομιστικού Συμβουλίου επίσης δεν επιθυμούσαν να παλέψουν, δεδομένου ότι θέλησαν απλά να είναι αποκομμένοι απο αυτό που είδαν ως διαφθορά της Δημοκρατίας. Μετά από την αποπειραθείσα δολοφονία της Πάντμε Αμιντάλα, τη Γερουσιάστη του Ναμπού και μέρος με επιρροή στη Πιστή Επιτροπή, ο Τζεντάι Όμπι-Ουάν Κενόμπι άρχισε μια έρευνα που τον οδήγησε για να ανακαλύψει το στρατό κλώνων στο Καμίνο, καθώς επίσης και μια συλλογή ισχυρών επιχειρησιακών ενδιαφερόντων στο Τζεονόσις. Αυτοί οι επιχειρησιακοί ηγέτες, που θα γίνονταν γνωστοί ως Αυτονομιστικό Συμβούλιο, δέσμευσαν τους πόρους τους στο σκοπό του Κόμη Ντούκου. Αυτά τα ενδιαφέροντα περιέλαβαν την Εμπορική Ομοσπονδία, η οποία δεσμεύτηκε με τη παραγωγή των αμέτρητων ανδροειδών μάχης για τους Αυτονομιστές.
Η κρίση κατέληξε στη Μάχη του Τζεονόσις, όταν μέλη του Τάγματος των Τζεντάι έφτασαν για να διασώσουν τους Όμπι-Ουάν Κενόμπι, Άνακιν Σκαϊγουόκερ και Πάντμε Αμιντάλα απο εκτέλεση. Οι κλώνοι στρατιώτες που πλέον αποτελούσαν το Μέγα Στρατό της Δημοκρατίας μετά απο την ανάθεση εκτάκτων εξουσιών στον Ανώτατο Καγκελάριο Πάλπατιν, έφτασαν υπό τη διοίκηση του Γιόντα και πολέμησαν με τον Αυτονομιστικό Στρατό των Ανδροειδών. Αν και η Δημοκρατία νίκησε στη μάχη, ήταν μόνο η πρώτη σύγκρουση του τρίχρονου Πολέμου των Κλώνων. Στο τέλος του, οι στόχοι των Σιθ πραγματοποιήθηκαν, η Δημοκρατία νίκησε τη Συνομοσπονδία, αλλά ο καγκελάριος χρησιμοποίησε τον πόλεμο ως αφορμή για να μεταρρυθμίσει τη Δημοκρατία στη Γαλαξιακή Αυτοκρατορία στο όνομα της ασφάλειας. Αν και η Αυτοκρατορία νικήθηκε τελικά από τη Καινούργια Δημοκρατία σχεδόν είκοσι-πέντε έτη αργότερα, η ιστορία της Αυτονομιστικής Κρίσης έζησε για δεκαετίες, με το Πρώτο Τάγμα που αναγεννήθηκε από τις στάχτες της Αυτοκρατορίας να κάνει μια περαιτέρω προσπάθεια να φέρει το είδος σταθερότητας στο γαλαξία, που η Γαλαξιακή Δημοκρατία ήταν ανίκανη να φέρει στην Αυτονομιστική Κρίση.