- «Ένας νεαρός Τζεντάι με το όνομα Νταρθ Βέιντερ, που ήταν μαθητής μου μέχρι που στράφηκε στο κακό, βοήθησε την Αυτοκρατορία να κυνηγήσει και να καταστρέψει τους ιππότες Τζεντάι. Πρόδωσε και σκότωσε τον πατέρα σου. Τώρα οι Τζεντάι έχουν εξαφανιστεί ολοκληρωτικά.»
- — Ο Όμπι-Ουαν Κενόμπι, στο Λουκ Σκαϊγουόκερ
Η Μεγάλη Εκκαθάριση των Τζεντάι, γνωστή και ως ο πόλεμος ενάντια στους Τζεντάι, ήταν η περίοδος που το Τάγμα των Τζεντάι καταστράφηκε από τους Σιθ και στην οποία οι Τζεντάι κυνηγήθηκαν από τη Γαλαξιακή Αυτοκρατορία σε σημείο παρολίγον εξαφάνισης. Η καταστροφή των Τζεντάι είχε τις ρίζες της στους αρχαίους πολέμους κόντρα στους Σιθ, στο τέλος των οποίων οι Τζεντάι είχαν σχεδόν αφανίσει τους Σιθ. Οι Σιθ λειτούργησαν στα κρυφά συνωμοτώντας για τη τελική καταστροφή του Τάγματος των Τζεντάι. Μια χιλιετία μετά τη παραλίγο ήττα των Σιθ, ένα μέλος τους, ο Νταρθ Σίντιους, χρησιμοποιώντας τη δημόσια εικόνα του Γερουσιαστή και έπειτα Ανώτατου Καγκελάριου Πάλπατιν, χειραγώγησε το γαλαξία στο Πόλεμο των Κλώνων ως πρόσχημα για την απόκτηση εκτελεστικής έκτακτης εξουσίας στη Γαλαξιακή Δημοκρατία. Είχε συγκεντρώσει περισσότερη κεντρική εξουσία κατά τη διάρκεια του πολέμου, ενώ η Δημοκρατία χρησιμοποίησε ένα στρατό κλώνων—έναν στρατό που βρισκόταν υπό τον έλεγχο των Σιθ και θα μπορούσε να σκοτώσει τους Τζεντάι με μια διαταγή.
Η εκκαθάριση των Τζεντάι ξεκίνησε στο τέλος του Πολέμου των Κλώνων. Ο Άνακιν Σκαίγουόκερ, ένας ιππότης Τζεντάι, ανακάλυψε πως ο Πάλπατιν ήταν ο Νταρθ Σίντιους και ενημέρωσε τον δάσκαλο Τζεντάι Μέις Ουίντου. Σε αυτό που ο Σίντιους δημόσια αποκάλεσε «επανάσταση των Τζεντάι», ο Μέις Ουίντου και άλλοι τρεις Τζεντάι αντιμετώπισαν τον Καγκελάριο Πάλπατιν, ο οποίος σκότωσε τους Τζεντάι και ξεκίνησε μια μονομαχία με τον Ουίντου. Ο Σκαϊγουόκερ, που ήθελε να χρησιμοποιήσει τις δυνάμεις του Πάλπατιν για να σώσει τη γυναίκα του, Πάντμε Αμιντάλα, ενεπλάκη και επιτέθηκε στον Ουίντου, λίγο πριν ο Τζεντάι μπορέσει να σκοτώσει το Πάλπατιν. Αφού ο Πάλπατιν σκότωσε τον Ουίντου, ο Σκάιγουόκερ υποτάχθηκε στο Πάλπατιν και μετονομάστηκε σε Νταρθ Βέιντερ. Ύστερα ο Νταρθ Βέιντερ στάλθηκε από το Σίντιους στο ναό των Τζεντάι και μαζί με την 501η Λεγεώνα σκότωσε όσους βρίσκονταν μέσα. Ο Πάλπατιν εξέδωσε την Διαταγή 66 και κλώνοι στρατιώτες σε κάθε γωνιά του γαλαξία σκότωσαν τους Τζεντάι διοικητές τους. Με τους Τζεντάι να έχουν στιγματιστεί ως προδότες και το Πόλεμο των Κλώνων στο τέλος του, ο Σίντιους ανακήρυξε τον εαυτό του Αυτοκράτορα και μετέτρεψε τη Δημοκρατία στη Γαλαξιακή Αυτοκρατορία.
Η Εποχή της Αυτοκρατορίας είδε τη συνέχεια στο κυνήγι των Τζεντάι από την Αυτοκρατορία. Ο Βέιντερ διηύθυνε ορισμένους Ανακριτές, των οποίων η δουλειά ήταν να κυνηγήσουν οποιονδήποτε επιζώντα Τζεντάι. Ο Μέγας Ανακριτής, ένας πρώην φρουρός του ναού των Τζεντάι από τον Ούταπαου, κυνήγησε μια ομάδα επαναστατών από το πλανήτη Λοθάλ, οι οποίοι ήταν υπό την ηγεσία του Κέιναν Τζάρους, ενός πρώην Τζεντάι πάνταγουαν. Αυτοί οι επαναστάτες βοήθησαν στη δημιουργία της Συμμαχίας για την Επαναφορά της Δημοκρατίας, η οποία πολέμησε με την Αυτοκρατορία στο Γαλαξιακό Εμφύλιο Πόλεμο. Ένας από τους επαναστάτες ήταν ο γιός του Βέιντερ, ο Λουκ Σκαϊγουόκερ ο οποίος έγινε ο τελευταίος Τζεντάι και βοήθησε το πατέρα του να απολυτρωθεί. Ο Βέιντερ πέθανε σύντομα αφού πρώτα σκότωσε το Σίντιους για να σώσει το γιό του, φέρνοντας το τέλος της κυριαρχίας των Σιθ στο γαλαξία.