Η Σκοτεινή Αυτοκρατορία, επίσης γνωστή ως η Ξαναγεννημένη Αυτοκρατορία, ήταν μια αποκατάσταση της Γαλαξιακής Αυτοκρατορίας που ήταν τοποθετημένη στο Βαθύ Πυρήνα και έδρασε υπό το ξαναγεννημένο Αυτοκράτορα Πάλπατιν, επίσης γνωστό ως το Σκοτεινό Άρχοντα των Σιθ Νταρθ Σίντιους, μετά τη Μάχη του Έντορ. Το νέο καθεστώς επιχείρησε να επανακτήσει τα εδάφη της Παλιάς Αυτοκρατορίας αφού είχε υποκύψει σε έναν εμφύλιο πόλεμο και διασπάστηκε σε διάφορες αντίπαλες φατρίες. Παρόλο που αυτή η αναγεννημένη Αυτοκρατορία των Σιθ σχηματίστηκε όταν ο Πάλπατιν ξαναγεννήθηκε σε ένα κλωνοποιημένο σώμα το 4 ΜΜΓ, εμφανίστηκε επίσημα το 10 ΜΜΓ, όταν ο Άρχοντας Σιθ έγινε αρκετά ισχυρός για να επιτεθεί στη Καινούργια Δημοκρατία. Κατέρρευσε λιγότερο από ένα χρόνο αργότερα το 11 ΜΜΓ, με το τελικό θάνατο του Πάλπατιν στον Όντερον, καθώς και τη καταστροφή του Μπις, το οχυρό της Σκοτεινής Αυτοκρατορίας.
Η Σκοτεινή Αυτοκρατορία διοικούταν ανοιχτά από χρήστες της σκοτεινής πλευράς, και ο Αυτοκράτορας κράτησε μια ομάδα από διαισθητικούς της Δύναμης, τους Επίλεκτους της Σκοτεινής Πλευράς, για να εκτελούν το θέλημα του, παρόμοια με τα Χέρια του Αυτοκράτορα της Παλιάς Αυτοκρατορίας. Υπήρχαν πάντα επτά από εκείνους, και σε περίπτωση θανάτου κάποιου, ένας άλλος έπαιρνε αμέσως τη θέση του. Παρόλο που ήταν εκπαιδευμένοι και ενδυναμωμένοι από τον ίδιο τον Αυτοκράτορα, οι Επίλεκτοι υπέστησαν βαριές απώλειες κατά την Επιχείρηση Σκιώδες Χέρι και εξοντώθηκαν μέχρι το τέλος της.
Ο Αυτοκράτορας σκόπευε να χρησιμοποιεί μονάχα τη σκοτεινή πλευρά της Δύναμης για να διοικεί τη Σκοτεινή Αυτοκρατορία, όμως ήταν αναγκασμένος να χρησιμοποιεί συνηθισμένα οχήματα μέχρι αυτό να μπορούσε να υλοποιηθεί. Κατά τη διάρκεια της εξουσίας του εισήχθη μια νέα σειρά από υπερόπλα για να αντικαταστήσουν τα δυο Άστρα του Θανάτου που είχε παλαιότερα η Αυτοκρατορία. Ήταν τα μεγάλα θωρηκτά κλάσης-Εκλίπς, τεράστια πολεμικά σκάφη που ήταν εξοπλισμένα με μικρά υπερλέιζερ. Και τα δυο, το Εκλίπς και αργότερα το Εκλίπς 2, καταστράφηκαν. Το πρώτο διαλύθηκε από τη Καταιγίδα της Δύναμης του Πάλπατιν, της οποίας έχασε τον έλεγχο, και το δεύτερο καταστράφηκαν όταν ο R2-D2 το έστειλε να συντριβεί πάνω στο Γαλαξιακό Όπλο, ένα άλλο υπερόπλο, παρόμοιο του Τάρκιν.