Alfa Rojo era un grupo de investigación clandestino dentro del Servicio de Inteligencia de la Nueva República. Una subdivisión de Alfa Azul, Alfa Rojo reportaba directamente al almirante Dif Scaur, el Director de Inteligencia de la Nueva República, y su tarea era examinar la biología extragaláctica de los yuuzhan vong, para determinar debilidades en sus sistemas y desarrolar métodos para explotarlas. El equipo estaba dirigido por el científico de Alfa Azul Joi Eicroth, y entre su personal había un grupo de biocientíficos chiss y científicos de Inteligencia.
El logro más destacado de la investigación de Alfa Rojo fue un arma biológica con el nombre código "Alfa Rojo". El patógeno aéreo probó en sus estudios de laboratorio que atacaba y destruía a una marca genética común a todas las formas de vida yuuzhan vong.
Después de su primer uso en Caluula, el patógeno fue restringido y clasificado como última opción, y después de la guerra se presume que Alfa Rojo fue cancelado.