| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
A Szeparatista válság, más néven a kiválási mozgalom egy zűrzavaros időszak volt, amelynek során több ezer csillagrendszer jelentette be szándékát, hogy elhagyja a Galaktikus Köztársaságot, és hűséget esküdött a Dooku gróf vezette Független Rendszerek Konföderációjának. A válság a Naboo megszállása utáni években, YE 24-ben tört ki, majd két évvel később, YE 22-ben a Klónok háborújába torkollott. Az eseményeket titokban Dooku, és mestere, a Sith nagyúr Darth Sidious irányította, akit a Galaxis Sheev Palpatine néven, a Galaktikus Köztársaság főkancellárjaként ismert. A Sith célja az volt, hogy egy galaktikus háborút szítva átvegyék az uralmat a Köztársaság felett, megtegye azt saját birodalmának, és elpusztítsa a Jedi Rendet. Hogy elérje célját, a Sithek kieszközölték egy klónhadsereg felállítását a távoli Kamino bolygón a Köztársaság számára.
A válság megrázta a Köztársaságot, míg Palpatine főkancellár a nyilvánosság előtt kifejezte reményét arra, hogy békés megoldást találjanak, és elkerüljék a háborút a szakadárokkal. A Konföderáció számos vezetője, köztük a Szeparatista Szenátus tagjai sem kívántak harcolni, hiszen egyetlen céljuk az volt, hogy felszabaduljanak a Köztársaság korruptnak ítélt vezetése alól. Az ellenségeskedést azonban tovább tüzelte, hogy a Galaktikus Szenátus elé terjesztettek egy indítványt, amely a Hadseregfelállítási Törvényként híresült el, és amely állandó köztársasági hadsereg felállítását tette volna lehetővé, válaszul a szakadárok jelentette vélt fenyegetésre. YE 22-ben sikertelen merényletet követtek el Padmé Amidala szenátornő ellen - a Naboo szenátora a hadsereg felállítása ellen felszólalók vezetője volt a Szenátusban, a Köztársaság Lojalista Bizottságának tagja, a főkancellár bizalmas tanácsadója. A merénylő és a megbízó felkutatásával Obi-Wan Kenobi Jedi lovagot bízták meg, aki nyomozása során felfedezte a Kaminon készült klónhadsereget, valamint a peremvidéki Geonosis droidöntödéit is, ahol fényt derített arra, hogy a kereskedők, akik később a Szeparatista Tanács tagjai lettek, felajánlották erőforrásaikat Dooku grófnak, aki így a Kereskedelmi Szövetség jóvoltából hatalmas droidhadsereget állíthatott fel a szakadároknak. Obi-Wan Kenobi hamarosan fogságba esett, azonban még sikerült értesítenie felfedezéséről a Szenátust. Habár Amidala szenátornő és Kenobi tanítványa, Anakin Skywalker a bolygóra utaztak, sikertelenül próbálták meg elérni a szabadon bocsátását, és végül a geonosisi főherceg, Kisebb Poggle kémkedés vádjával halálra ítélte őket. Ezzel egyidőben a Galaktikus Szenátus a háború közvetlen veszélyére való tekintettel rendkívüli jogokkal ruházta fel Palpatine főkancellárt, aki a szenátusi vitát megkerülve elrendelte a Köztársaság Nagy Hadseregének hivatalos felállítását, és a Geonosisra küldte őket.
A válság a geonosisi csatába torkollott: a Jedi Rend a Geonosisra sietett, hogy megmentsék a két Jedit és a szenátornőt, majd valamivel később a Köztársaság Nagy Hadserege is megérkezett a bolygóra, és a Jedi Rend nagymesterének, Yoda mesternek vezetésével harcba szállt a Szeparatista Droidhadsereggel. Habár a foglyokat kimentették, és a Köztársaság meghódította a bolygót, a csatával kezdetét vette a három éven át dühöngő Klónok háborúja.
Végül a Sithek valódi céljaira túl későn derült fény; a Köztársaság győzelmet aratott ugyan a Konföderáció felett, azonban Palpatine főkancellár átalakította a Köztársaságot a Galaktikus Birodalommá. A Birodalom zsarnoki uralmát csaknem huszonöt év után megdöntötte az Új Köztársaság, a Szeparatista válság továbbra is fájó sebhely maradt, emlékeztetve a Galaktikus Köztársaság kudarcára, további bizalmatlanságot táplálva.