기함은 해군 함대 제독의 개인 함선을 일컫는 말이다. 엑세큐터급 스타 드레드노트 엑세큐터호는 시스의 암흑 군주인 다스 베이더의 기함이자 죽음의 전대의 지휘함 역할을 맡았다. MC80 스타 크루저 홈 원호는 기알 아크바 제독 (이후 해군 원수가 됨)의 기함이자 반란군 연합과 신공화국 함대의 지휘함 역할을 맡았다. 스카리프 전투 당시 MC75 크루저 프로펀디티호는 라더스 제독의 기함이었다.
