메이스 윈두는 요다와 함께 제다이 평의회를 이끄는 제다이 마스터로서 특히 제다이의 철학과 역사에 해박한 지식을 갖고 있다. 그는 코러산트에서 그다지 떠나지 않고 생활해 왔으나 뛰어난 식견을 바탕으로 많은 사건들을 해결하였고 은하계의 많은 지역에서 존경을 받고 있다.
제다이 기사단의 안정과 발전에 힘을 썼던 그는 포스에 균형을 가져다준다는 존재에 대한 전설에 대해 잘 알고 있으며, 때문에 콰이곤 진이 아나킨 스카이워커를 데리고 왔을때 그를 시험하는 것을 허가하기도 하였다.
그는 아나킨의 강한 힘을 느끼기는 했으나 소년의 마음 속에 공포와 두려움, 분노와 같은 어두운 감정이 깊이 잠들어 있는 것을 알았기에 제다이로서의 수련을 받기에 너무 나이가 많다면서 그를 받아들이는 것을 거절하였다. 그러나, 콰이곤 진이 죽은 이후 그의 제자인 오비완 케노비의 간청을 받아들인 제다이 평의회는 결국 그 소년을 가르치도록 허가하였다.
타고난 중재자이기도 한 그는 자신이 갖고 있는 뛰어난 영향력을 통해서 사건을 해결할 수 있다고 생각하고 있었다. 그러나, 공화국 말기에 점차 분리주의자들의 세력이 커지기 시작하면서 그는 제다이의 영향력에 한계가 있음을 느끼고 자신의 신념에 조금씩 의문을 갖게 되었다.
그는 또한, 분리주의자들의 지도자이자 본래 그의 동료였던 두쿠 백작이 은하계 전체에서 일어나고 있는 사건들을 꾸밀 정도로 폭력적이지 않다고 생각하고 있었지만, 오비완 케노비로부터 그들이 전쟁을 꾸미고 있다는 사실을 알게 된 시점에서 더 이상 교섭의 여지가 없음을 깨달았다.
그는 결국 제다이들 만으로 이를 대처할 수 없음을 느끼고 클론 군대를 사용하는 일에 동의하게 된다. 제다이들을 이끌고 한발 먼저 지노시스 행성으로 향한 메이스 윈두는 처형될 뻔한 오비완 일행을 구해내고 무역 연합의 드로이드 군대와 대결을 벌인다. 뛰어난 실력으로 제다이들은 많은 적을 처리하였으며, 메이스 윈두는 두쿠 백작이 고용한 바운티헌터 장고 펫을 쓰러뜨리는데 성공한다. 그러나 드로이드 군대는 지나치게 많았고 결국 제다이들은 위기에 빠지고 만다.
그는 항복하라는 두쿠 백작의 말을 거절하고 싸움을 결심하지만, 그 순간 요다가 이끌고 도착한 클론 군대의 도움으로 무사히 빠져나오게 된다. 결국 제다이들은 클론 군대와 함께 지노시스 전투에서 승리하게 되지만, 그것은 클론 전쟁의 시작일 뿐이었다.