은하내전은 반란군 연합과 은하제국 간에 벌어진 은하계급 규모 전쟁이다. 반란군 연합은 클론 전쟁이 종결되고 은하공화국이 은하제국으로 변질되면서, 다시 공화국을 재건하기 위해 만들어진 조직이다. 이전의 클론 전쟁에서 분립 행성계 연합에 대항하는 은하 공화국과 제다이 기사단에 합세한 반군들을 기점으로 반란군의 기원을 둔다. 최고 수상 팰퍼틴, 다시 말해 시스 군주 다스 시디어스가 공화국을 제국 체제로 전환하고 제다이 기사단를 무너뜨린 이후, 많은 반군들이 제국에 대항하기 시작했다. 결국 이들은 뭉치기 시작했고 마침내 반란군 연합이 성립되었다.
연합군은 황제의 대규모 전투 정거장인 데스 스타의 설계도를 훔쳐 제국으로부터 첫 승리를 거두었다. 설계도는 루크 스카이워커와 한 솔로 등의 도움으로 레아 오르가나가 무사히 취할 수 있었다. 설계도 분석에 힘입어 야빈 전투가 발발하고, 스카이워커는 한 솔로의 지원과 함께 데스 스타를 파괴하는데 이른다. 제국 군수 공장 공격을 비롯한 잇따른 반군의 공격으로 제국은 타격을 입게된다. 그 결과로 다스 베이더와 시디어스가 이끄는 제국군은 연합군을 대대적으로 격파한다. 베이더의 병력은 호스 행성에 숨은 연합군을 찾아내고, 호스 전투의 여파로 동맹 함대는 행성으로부터 탈출한다.
6년 후, 황제는 연합군에게 데스 스타 II의 존재를 노출시키고 함정으로 끌어들인다. 연합군은 그들이 기습 작전을 펼친다고 믿은 채 엔도 전투가 시작되었다. 전투 동안 베이더가 자신의 아버지임을 알게 된 스카이워커는 데스 스타 내에서 시디어스와 맞닥들인다. 황제는 스카이워커를 죽이려 하지만 죽을 위기에 처한 아들을 본 베이더가 황제를 원자로 수직 통로에 던져버려 황제는 죽고 만다. 베이더는 결투 중 입은 부상으로 최후를 맞이하고, 은하계는 시스의 지배로부터 벗어나게 된다. 그러는 동안 연합군은 데스 스타 II를 파괴시키고 제국군을 성공적으로 격파한다.
황제의 죽음 이후 남은 전력을 쏟아부은 결과로, 제국 총독들은 우위를 도모하기 시작한다. 황제의 사망에 대한 이야기가 퍼지지 않도록, 아델하드 총독은 아이언 봉쇄를 개시하여 애노트 구역을 봉쇄하며 이는 구역 내 반란의 계기가 된다. 1년 후, 제국은 자쿠 전투에서 신공화국과 전투를 벌이게 된다. 이후 전투에서 결정적인 패배를 한 제국은 심각한 내부 소요 사태에 직면, 코러산트에서 은하 협약에 서명하였다. 공식적으로 분쟁을 종료하였고 제국의 군사력을 심각하게 제한당했다.