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- "내 제자였던 다스 베이더라는 젊은 제다이가 악의 편으로 돌아서면서, 제국을 도와 제다이 기사들을 사냥하고 박멸했어. 그는 우릴 배반했고 네 아비를 죽였다. 지금 제다이는 거의 멸망한 셈이지."
- ―오비완 케노비가 루크 스카이워커에게
제다이 숙청은 은하 제국이 제다이를 말살하고 시스가 제다이 기사단을 붕괴시킨 시대다. 제다이의 몰락은 마치 오래 전, 시스와 제다이의 전쟁에서 시스가 몰락하는 과정을 보는 듯 했다. 다스 시디어스는 그로부터 천년 가까이의 시간 이후에 공화국 의회를 장악하고 최고 수상에 등극하여 은하계를 클론 전쟁에 빠뜨리면서 비상 권한을 선포한다. 그는 전쟁 동안에 권력을 중앙으로 모으고 공화국 몰래 클론 군대에 생체 칩을 심어 활성화한 다음 이를 이용해 클론들을 이끌던 제다이를 사살한다.
제다이 숙청은 클론 전쟁 끝자락에 시작되었다. 포스의 균형을 가져다 줄 선택받은 자로 여겨지던 제다이 기사 아나킨 스카이워커는 팰퍼틴 수상이 다스 시디어스라는 것을 눈치채고 제다이 마스터 메이스 윈두에게 이 사실을 알린다. 시디어스는 공식적으로 "제다이 반란"이라 선포하고 자신을 체포하러 온 제다이들과 메이스 윈두와 결투를 벌인다. 스카이워커는 운명으로부터 그의 아내 파드메 아미달라를 구하기 위해 결투에 난입하여 윈두가 시디어스를 처리하기 직전에 윈두를 처치한다. 제다이를 성공적으로 처리한 시디어스는 시스 군주의 길에 선 아나킨 스카이워커에게 다스 베이더라는 호칭을 내리며 제다이 사원 공격을 명한다. 동시에 그는 클론 병력에게 오더 66 시행을 명령하고 은하 전역에 퍼져있던 공화국군은 그들의 제다이 사령관을 무참히 사살한다. 제다이가 반역자로 불리우며 클론 전쟁은 종전되고 시디어스는 스스로를 황제라고 부르며 공화정을 제국 체제로 개혁한다.
제국의 시대가 열리며 제다이 숙청은 계속된다. 베이더는 인퀴지터리우스를 이끌고 생존자들을 척결한다. 우타파우 출생의 그랜드 인퀴지터는 로탈 행성의 반군에 가담한 케이넌 제러스를 추적한다. 이 반군은 궁극적으로 반란군 연합에 동참하게 되고 연합군은 은하 내전에서 제국에 대항해 전쟁을 벌인다. 베이더의 아들 루크 스카이워커는 마지막 제다이가 되어 그의 아버지를 구원한다. 베이더는 자신이 죽기 전에 아들을 구하기 위해 황제를 죽였고 그렇게 은하계를 쥐어잡던 시스의 지배를 끝마친다.
서막[]
- "마침내 우린 제다이에게 모습을 드러내는군요. 끝내 우리는 복수를 가지게 돼요."
- ―다스 몰
오랜 시간에 걸쳐 제다이 기사단은 시스 기사단에 맞서 수차례 전쟁을 벌인다. 나부 침공이 벌어지기 천년 이전, 제다이는 시스를 성공적으로 격퇴했다고 여긴다. 그러나 시스 군주 다스 베인이 홀로 남게 되자 그는 둘의 규율을 제정하며, 시스 세력은 이전과 달리 큰 규모의 작전을 벌이지 않고 비밀리에 계획을 세워 나간다. 그들은 언제나 스승과 제자 둘 뿐이라는 규율을 유지하며 제다이 기사단을 은하계에서 몰아 낼 계획을 이어나간다.
시스는 수세기 동안 비밀리에 작전을 수립한다. 나부 침공 이전, 나부 행성의 시브 팰퍼틴은 다스 플레이거스의 제자가 되어 다스 시디어스라는 호칭을 부여받는다. 시디어스는 그의 스승을 제거하고 시스의 암흑 군주 군림한다. 공개적으로는 나부 행성의 의원 팰퍼틴으로 활동하며 계획을 실행하기 위한 세력을 끌어모은다. 그의 계획은 제다이 기사단을 무너뜨리고 은하 전역을 시스의 통치에 두는 것이었다. 또한 제국의 통치자가 되어 포스의 어두운 면과 시스의 비밀을 풀고 은하계를 어둠 속으로 빠뜨릴 계획이었다. 그리하여 시디어스는 우주를 자신의 생각대로 새롭게 창조할 계획이었다.
나부 침공 당시 시스가 제다이 앞에 다시 모습을 드러낸다.
시디어스는 제자 다스 몰을 앞세워 나부 침공을 비밀리에 지휘한다. 그러나 몰은 오비완 케노비에게 패배하고 만다. 팰퍼틴은 나부의 파드메 아미달라 여왕에게 피니스 발로럼 수상에 대한 불신임 투표 참석을 요청한다. 이어 팰퍼틴은 신임을 얻어 발로럼의 뒤를 잇는 수상직에 자리하게 되었다. 이 무렵, 은하계 전쟁이 임박했음을 믿고 있던 제다이 고등 평의회의 제다이 마스터 사이포 디아스가 비밀리에 카미노 행성을 방문해 클론 군대를 주문하지만, 이후 시디어스의 제자가 된 두쿠 백작에 의해 살해된다. 다스 티라누스라는 칭호를 얻은 두쿠는 비밀리에 클론 병사들의 두뇌에 생체 칩을 내장하는 작업에 착수한다. 이 칩에는 훗날 제다이가 무너지는 계기인, 발령 즉시 제다이를 사살하는 명령 66호도 포함되어있었다.
나부 침공 이후, 수천 개의 항성계들이 공화국으로부터 분리되고 분립 행성계 연합에 가담하는 분리주의 운동이 가속화된다. 이러한 정치적 긴장감 또한 시디어스가 은하계 전역으로 자신의 영향력을 넓히고자 조성한 것이었다. 공화국이 직면한 위기에 대한 대비로 클론 군대를 채택하기 위해 상원 대표 자자 빙크스는 은하 의회에 최고 수상의 비상 권한을 제안했고 의회가 이를 받아들이자 클론 군대는 공화국 대군으로 편성되어 지오노시스 전투를 시작으로 클론 전쟁의 막이 열린다.
요다는 제다이 숙청의 환상을 목격한다.
제다이 기사단은 지휘관으로서 전장에 서게 된다. 전쟁이 지속되자 은하 곳곳의 많은 시민들이 무력 충돌을 감수하게 되었고 제다이가 전쟁을 지속시키고 확대시킨다고 비난하는 이들도 나타난다. 그리하여 대중들의 여론은 제다이로부터 등을 돌리고 만다. 제다이 기사단원인 파다완 배리스 오피 또한 제다이들을 전쟁 공모자로 여겨 코러산트의 제다이 사원에 폭탄을 터뜨린다. 제다이 마스터 데파 빌라바를 비롯한 다른 제다이들도 제다이 기사단이 클론 전쟁을 지휘하게 된 것이 크나큰 실수였다고 여긴다. 제다이 그랜드 마스터 요다는 포스와 연계된 영원한 의식에 대한 비밀을 풀고자 여정을 떠난 후로 대고바 행성에서 제다이들이 클론 병사들에 맞서고 다스 시디어스에게 살해당하는 환상을 마주한다. 요다는 제다이 기사단이 전쟁을 계속하단 무너질 것이라 믿는다. 그는 제다이가 전쟁에서 패배하지만 궁극적으로 시스에 대항해서는 승리를 거둘 것일가하는 의심을 품는다.
전쟁이 끝을 향해 치닫는 와중에 클론 병사 텁이 명령 66호와 연계된 행동을 보이며 고통받자 시스의 음모가 속을 드러내기 시작한다. 텁은 링고 빈다 전투에서 제다이 마스터 티플라를 총살한 것이다. 텁이 사망한 뒤, 그의 친구이자 동료였던 클론 병사 파이브스는 무슨 일이 일어난 것인지 밝혀내고자 생체 칩에 대한 조사를 한다. 그는 아나킨 스카이워커와 클론 대위 렉스에게 이 음모에 대해 토로하지만 둘은 파이브스를 믿지 않았고, 파이브스는 위협적인 존재로 몰리게 되어 결국 동료 병사의 손에 죽음을 맞이하며 공식적으로는 텁이 기생충 감염 때문에 폭력적으로 변했다고 알려진다. 제다이는 시스가 클론 군대 생산에 연루되었음을 알게 되지만 거대한 음모에 대해 알아차리지 못하고 분리주의 세력과의 전투에서 클론 병력을 계속 투입시킨다.
제다이 숙청[]
일명 "제다이 반란"[]
- "공화국 은하 의회의 이름으로 당신을 체포한다, 수상."
"지금 날 협박하는 거요, 마스터 제다이?" - ―메이스 윈두와 팰퍼틴
클론 전쟁 말기에 이르러 팰퍼틴 수상은 강력한 중앙 집권자로 성장해 있었고, 제다이 평의회는 계속해서 세력을 넓히는 수상을 의심하게 된다. 그들은 팰퍼틴이 실제로 시스 군주라는 것은 알아채지 못하고 포스의 어두운 면이 의장을 둘러싸고 있다 여긴다. 코러산트 전투에서 두쿠 백작이 사망하자 수상은 분리파 드로이드 군대의 지휘관인 그리버스 장군에게 속히 전쟁을 마무리지으라 명령한다. 그러나 그리버스가 오비완과의 대결에서 최후를 맞이했고 제다이 평의회는 수상을 경계하기 시작하며 만약 수상이 비상 권한을 포기하지 않는다면 수상을 끌어내리려는 모의를 시작한다.
전쟁 말기에 아나킨 스카이워커는 아내 파드메 아미달라가 아이를 낳다 사망하는 꿈을 꾼 뒤로 그녀를 구하기 위해 도움이 될 만한 것들을 알아보기 시작한다. 팰퍼틴은 영생의 비밀을 풀어낸 옛 시스 전설 다스 플레이거스에 대한 이야기를 아나킨에게 늘어놓으며 자신의 정체를 드러냈는데, 스카이워커는 팰퍼틴의 제안을 거절한 채 제다이 마스터 메이스 윈두에게 수상의 정체를 털어놓는다.
팰퍼틴 집무실의 결투가 제다이 숙청의 시작을 알린다.
수상의 정체가 시스로 밝혀지고 그리버스가 사망하고도 비상 권한을 내려놓지 않자, 윈두와 제다이 마스터 킷 피스토, 에이젠 콜러, 새시 틴이 수상을 체포하러 집무실로 향하지만 제다이 마스터들은 이내 다스 시디어스의 광선검에 무참히 목숨을 잃었고 윈두와 팰퍼틴은 결전을 벌인다. 윈두가 팰퍼틴을 거의 죽음으로 몰아갈 무렵 스카이워커가 도착하고, 시디어스는 제다이들이 공화국을 전복시킨다며 스카이워커를 혼란에 빠뜨린다. 스카이워커는 아미달라의 목숨을 구하기 위해 시디어스의 도움이 필요했으므로 시디어스의 편에 서서 윈두를 공격했고 그렇게 제다이 기사단을 등진 그는 다스 시디어스로부터 다스 베이더라는 칭호를 받고 시스의 길로 들어선다.