The Shadow War was de benaming voor de sabotagetactieken die tijdens de Clone Wars door beide kampen werden toegepast om de overwinning te behalen.
Eén van de bekendste voorbeelden was de Astromech Droid R3-S6 die door de CIS was gewijzigd van programmatie. Meerdere Astromech Droids op Milagro werden 'sleeper' droids waardoor ze CIS troepen in de nabijheid konden oproepen en hun bevelen moesten gehoorzamen. Dit stond bekend als het Milagro Incident.
De CIS sloeg nog toe, onder andere op Druckenwell waar ammunitie voor de DC-15A Blaster Rifles werd gesaboteerd waardoor deze niet in de wapens pasten. Op Handooine werd een virus in de computer van de Tector-class Star Destroyer Gibbon upgeload waardoor de schepen van Admiral Kreuges task force tijdens de Battle of Salvara werden verslagen.
Ook de Republic liet van zich spreken in 'The Shadow War'. Zo begonnen de Destroyer Droids en Super Battle Droids door een nano-virus elkaar te bestrijden tijdens de Battle of Agomar en stonden B1 Battle Droids in het midden van dit vuurgevecht hulpeloos toe te kijken. De Techno Union verweet de Republic om B1 Battle Droids te hebben gesaboteerd en om zo de efficiëntie van de CIS te ondermijnen.