O Exército Droide Separatista foi formado pela Confederação de Sistemas Independentes logo após a Invasão de Naboo. Ele foi formado principalmente pela Federação de Comércio, juntamente com algumas mega-corporações e secretamente comanda por Darth Sidious.
O exército era composto basicamente por droides de batalha, entre eles: os droides de batalha B1, que eram o tipo mais comum de droide de batalha e com menor custo dentro do Exército Separatista; Os super droides de batalha B2, que eram uma "evolução" dos droides de batalha B1; Os Droidekas, que eram considerados mortais até mesmo para os Jedi; Os droides de comando série BX, que possuíam alta agilidade e capacidade acrobática, além de possuírem uma carcaça resistente; Os droides aquáticos, que eram utilizados especificamente para batalhas aquáticas, e os MagnaGuardas IG-100, que eram utilizados tanto em batalhas, como a em Ord Mantell, quanto como "guarda-costas" para membros importantes da causa Separatista.
Havia, também, variações de alguns desses já mencionados droides de batalha, que também faziam parte do Exército Droide Separatista. Em se tratando de veículos, a Confederação possuía um repertório grande, sendo dois dos veículos mais utilizados pelo Exército Droide o Tanque de Assalto Blindado e o Transporte de Multi Tropas. O comando do Exército Separatista foi dado ao General Kaleesh Grievous. Ele foi desativado após as Guerras Clônicas, quando Darth Sidious ascendeu ao poder como Imperador Galáctico.