Comandantes clone troopers eram soldados clone criados em Kamino para papéis de liderança no Grande Exército da República.
Eles lideravam regimentos de 2.304 clone troopers para a batalha. Cada legião de clone troopers só tinha um comandante clone sênior. Às vezes, porém, regimentos menores e batalhões eram liderados por comandantes clone, como o Comandante Cody, que liderou o 212º Batalhão de Ataque. Quando um Jedi precisava de um grupo de clones, não importa o tamanho, um comandante clone normalmente se juntava ao grupo para ajudar os generais Jedi.
Na ordem de classificação, os comandantes eram superiores diretos dos capitães clone trooper e inferiores aos Generais Jedi.