Ordinul 66 a fost creat înca de la începutul Războiului Clonelor de către Darth Sidious, zis și Cancelarul Palpatine, care, în cazul aflării identității sale secrete să aibă un as în mânecă pentru a ucide toți Jedii. După Ordinul 66, doar câțiva Jedi au supraviețuit, cei mai cunoscuti fiind Yoda si Obi Wan Kenobi, ei supraviețuind și Marii Lichidări Jedi. Ordinul 66 a ucis mulți Jedi, printre care și: Ki Adi Mundi, Ayla Secura, Eth Koth etc. Ordinul 66 a fost dezvăluit în mijlocul Episodului III: Razbunarea Sith. Cancelarul Palpatine a comandat Ordinului 66 după uciderea liderilor separatiști de către ucenicul său, Darth Vader, care a fost alesul Ordinului Jedi, deși a fost acceptat cu greu în acesta. Prima escadrilă de clone care a urmat Ordinul 66 a fost cea de pe Utapau a lui Obi Wan Kenobi, Legiunea 212, în timp ce Legiunea 501 vâna toți Jedi
