66號指令（英文：Order 66），又稱66號克隆人協議（英文：Clone Protocol 66），是用於控制克隆人士兵的一項絕密指令。該指令發布後，克隆人士兵大腦內的控制芯片會被激活，並促使他們按照預先編寫的程序將絕地武士視為叛徒。
克隆人士兵控制芯片植入的最初目的是為了避免他們不受絕地將軍的指揮，但培育士兵的卡米諾科學家認為戰爭期間可能有一部分絕地武士會產生動搖，因此專門設計了該指令以作為一種應急手段。但實際上，66號指令卻被西斯利用，成為埋藏在大共和國軍中的一個後門程序。
在克隆人戰爭期間，無論是絕地武士，還是克隆人士兵都對66號指令及控制芯片的存在一無所知，直到CT-5385「錘頭」的芯片發生故障，使66號指令被提前激活，直接造成了絕地將軍蒂普拉的死亡。這一連串的事件使克隆人士兵CT-5555「老五」產生了懷疑，並私下裡展開調查。儘管對幕後黑手的實際身份一無所知，但「老五」還是查明了66號指令的作用，而且一路順藤摸瓜，查到了最高議長希夫·帕爾帕廷身上，然而遺憾的是，「老五」在試圖揭發這一切時卻被科洛桑衛戍部隊擊斃。「老五」去世後，66號指令的幕後真相隨着他的死而被一同掩蓋，但也有一部分克隆人士兵開始產生疑慮，認為控制芯片的用途不正，他們暗中接受手術，移除了控制芯片——這其中就包括CT-7567「雷克斯」、CC-3636「沃爾夫」和CC-5576-39「格雷戈」。
克隆人戰爭末期，儘管絕地委員會對最高議長的行為充滿擔憂，但自始至終都沒有什麼主動的作為，直到19 BBY時，帕爾帕廷的真實身份——西斯黑暗尊主達斯·西迪厄斯曝光，絕地委員會才決定對他進行逮捕。然而，帕爾帕廷卻利用這一契機誣指武士團意圖謀反，並向克隆人士兵下達了66號指令，處決了指揮各部隊的絕地武士。在這次大清洗髮生後不久，極少部分絕地倖存者——如絕地大師尤達和歐比-旺·克諾比等都分別潛伏於銀河系各地，開始流亡生涯。
起源[ | ]
當時身為銀河共和國參議院議長的白卜庭為了成功取得政權及肅清西斯教派的千年仇敵——絕地武士，策劃一連串的陰謀，待時機成熟後便展開屠殺計劃。
經過[ | ]
白卜庭（達斯·西帝）最初指使新徒弟安納金‧天行者（黑武士）帶領複製人501軍團進攻絕地聖殿，自己則向在戰場上的複製人士兵下令殺死正在前線作戰的絕地武士。安納金不論是絕地大師還是幼小學徒，都毫無留情地全數殺害。但複製人501軍團指揮官艾普卻在追殺絕地學徒途中,被光劍砍中而死。另外在前線作戰的絕地武士也都大多被殺，尤達感到身邊的複製人將要殺自己，所以先下手殺了準備殺自己的複製人士兵；歐比王·肯諾比因剛剛離開了複製人士兵，複製人士兵不能近距離槍殺，要用大炮，但炮彈差一點就擊中歐比王，歐比王只是因為砲撃的衝擊力而從高處掉入水中，沒有生命危險；其他絕地武士也大多數陣亡。
結果[ | ]
最後只有歐比王·肯諾比和尤達兩位絕地武士生還（在非正傳的傳說（Legends）系列故事與遊戲中則提到不止這兩位絕地武士生還），二人會合後先前往絕地聖殿修改絕地信息，要其他生還者不要前往絕地聖殿而是要保護自己躲起來。二人在消滅聖殿中的複製人士兵並修改信息後，在保安紀錄中看到白卜庭是西斯大帝、安納金屠殺絕地幼徒與武徒以及安納金拜師於他的事情。尤達決定自己前往消滅白卜庭，而歐比王要前往消滅安納金。歐比王起先拒絕，並要求改為去對付白卜庭，但尤達對他說安納金已成為西斯武士的事實只好答應。歐比王猜想出佩咪的孩子父親是安納金，故前往拜訪佩咪說出安納金已投身西斯及其在絕地聖殿中的屠殺，在佩咪前往安納金所在之地時歐比王藏身在飛船之上，安納金故而以為佩咪背叛自已而幾乎殺了她。歐比王在決鬥中斬下了安納金的左手及雙腳，但卻沒有殺了他，只拿走了光劍；尤達和白卜庭在會議大堂中對戰，二人受傷不分勝負，尤達自行退卻而白卜庭則因感到安納金有危險而前往貿易聯邦秘密總部。尤達和歐比王會合，決定暫時穩居以靜候時機來臨，二人後來分別隱居沙漠行星塔圖因和沼澤行星達哥巴。