66号指令（英文：Order 66），又称66号克隆人协议（英文：Clone Protocol 66），是用于控制克隆人士兵的一项绝密指令。该指令发布后，克隆人士兵大脑内的控制芯片会被激活，并促使他们按照预先编写的程序将绝地武士视为叛徒。
克隆人士兵控制芯片植入的最初目的是为了避免他们不受绝地将军的指挥，但培育士兵的卡米诺科学家认为战争期间可能有一部分绝地武士会产生动摇，因此专门设计了该指令以作为一种应急手段。但实际上，66号指令却被西斯利用，成为埋藏在大共和国军中的一个后门程序。
在克隆人战争期间，无论是绝地武士，还是克隆人士兵都对66号指令及控制芯片的存在一无所知，直到CT-5385“锤头”的芯片发生故障，使66号指令被提前激活，直接造成了绝地将军蒂普拉的死亡。这一连串的事件使克隆人士兵CT-5555“老五”产生了怀疑，并私下里展开调查。尽管对幕后黑手的实际身份一无所知，但“老五”还是查明了66号指令的作用，而且一路顺藤摸瓜，查到了最高议长希夫·帕尔帕廷身上，然而遗憾的是，“老五”在试图揭发这一切时却被科洛桑卫戍部队击毙。“老五”去世后，66号指令的幕后真相随着他的死而被一同掩盖，但也有一部分克隆人士兵开始产生疑虑，认为控制芯片的用途不正，他们暗中接受手术，移除了控制芯片——这其中就包括CT-7567“雷克斯”、CC-3636“沃尔夫”和CC-5576-39“格雷戈”。
克隆人战争末期，尽管绝地委员会对最高议长的行为充满担忧，但自始至终都没有什么主动的作为，直到19 BBY时，帕尔帕廷的真实身份——西斯黑暗尊主达斯·西迪厄斯曝光，绝地委员会才决定对他进行逮捕。然而，帕尔帕廷却利用这一契机诬指武士团意图谋反，并向克隆人士兵下达了66号指令，处决了指挥各部队的绝地武士。在这次大清洗发生后不久，极少部分绝地幸存者——如绝地大师尤达和欧比-旺·克诺比等都分别潜伏于银河系各地，开始流亡生涯。
起源[ | ]
当时身为银河共和国参议院议长的帕尔帕庭为了成功取得政权及肃清西斯教派的千年仇敌——绝地武士，策划一连串的阴谋，待时机成熟后便展开屠杀计划。
经过[ | ]
帕尔帕庭（达斯·西迪厄斯）最初指使新徒弟阿纳金‧天行者（黑武士）带领克隆人501军团进攻绝地圣殿，自己则向在战场上的克隆人士兵下令杀死正在前线作战的绝地武士。阿纳金不论是绝地大师还是幼小学徒，都毫无留情地全数杀害。但克隆人501军团指挥官艾普却在追杀绝地学徒途中,被光剑砍中而死。另外在前线作战的绝地武士也都大多被杀，尤达感到身边的克隆人将要杀自己，所以先下手杀了准备杀自己的克隆人士兵；欧比旺·克诺比因刚刚离开了克隆人士兵，克隆人士兵不能近距离枪杀，要用大炮，但炮弹差一点就击中欧比王，欧比王只是因为炮撃的冲击力而从高处掉入水中，没有生命危险；其他绝地武士也大多数阵亡。
结果[ | ]
最后只有欧比旺·克诺比和尤达两位绝地武士生还（在非正传的传说（Legends）系列故事与游戏中则提到不止这两位绝地武士生还），二人会合后先前往绝地圣殿修改绝地信息，要其他生还者不要前往绝地圣殿而是要保护自己躲起来。二人在消灭圣殿中的克隆人士兵并修改信息后，在保安纪录中看到帕尔帕庭是西斯大帝、阿纳金屠杀绝地幼徒与武徒以及阿纳金拜师于他的事情。尤达决定自己前往消灭帕尔帕庭，而欧比王要前往消灭阿纳金。欧比王起先拒绝，并要求改为去对付帕尔帕庭，但尤达对他说阿纳金已成为西斯武士的事实只好答应。欧比王猜想出佩咪的孩子父亲是阿纳金，故前往拜访佩咪说出阿纳金已投身西斯及其在绝地圣殿中的屠杀，在佩咪前往阿纳金所在之地时欧比王藏身在飞船之上，阿纳金故而以为佩咪背叛自已而几乎杀了她。欧比王在决斗中斩下了阿纳金的左手及双脚，但却没有杀了他，只拿走了光剑；尤达和帕尔帕庭在会议大堂中对战，二人受伤不分胜负，尤达自行退却而帕尔帕庭则因感到阿纳金有危险而前往贸易联邦秘密总部。尤达和欧比王会合，决定暂时稳居以静候时机来临，二人后来分别隐居沙漠行星塔图因和沼泽行星达哥巴。